2009年11月13日，广东省发改委蔡木灵副主任主持召开珠三角城际轨道交通建设工作座谈会，省国土、环保、建设、交通、国资等部门，珠三角九市及清远市发改部门，省投资集团等单位参加会议。会议认为，珠三角城际轨道交通建设总体进展情况良好，基本上能按省委、省政府的要求推进，但仍然存在不少问题，需要采取有效措施，加快推进各项工作。

会议要求，要统一思想认识。一是充分认识加快珠三角城际轨道交通建设对于调整产业结构、推进节能减排、建设宜居城乡的重大意义；二是充分认识加快珠三角城际轨道交通建设必须抢抓国家加大投资力度、扩大内需的政策机遇；三是充分认识加快珠三角城际轨道交通建设是省市共同的责任；四是充分认识城际轨道的准公益性质，充分发挥政府的主导作用。

会议指出，当前城际轨道交通建设存在一些问题。一是前期工作深度不够，线路走向、站点设置、线路敷设方式等调整频繁，影响项目建设；二是征地拆迁难度大；三是省市共同建设城际轨道交通的投资机制不完善；四是部分市政府和有关部门协调力度不够；五是沿线资源综合开发工作没有取得实质性进展。

会议部署了近期的主要工作。一是争取国家批复珠三角城际轨道交通规划（修编）；二是加快推进在建项目的进度；三是有序推进其他项目前期工作，适时开工建设；四是做好全省城际轨道交通建设规划编制；五是创新体制机制，与铁道部研究和落实部省合作建设城际轨道的有关工作，研究探讨与港铁及其他社会投资者合作建设城际轨道的有关问题；六是完善城际轨道交通建设管理制度。

会议强调了有关工作要求。一是要高度重视与城轨线路有关的通道和土地资源的控制和保护；二是线路走向、站点设置及征地拆迁等方面问题要在项目前期研究阶段取得一致意见，避免在项目建设过程中不断对方案进行调整；三是要加强城际轨道与其他交通方式及交通枢纽的衔接；四是要建立良好的工作机制，加大建设协调力度；五是对有关项目要尽快组建项目管理主体，明确投资责任；六是要加强对项目的安全质量监督管理。