(一)办公室(市环境保护委员会办公室)
　　负责文秘、档案、保密、信访、信息、调研、保卫、督查督办、国有资产管理、接待和后勤管理等行政事务；负责党务、纪检监察、人事、劳资、计划生育、社会保险、离退休人员管理、外事、工会、共青团、妇女等工作；负责市环境保护委员会日常工作。

(二)政策法规科
　　组织草拟环境保护的综合性法规、规章和规范性文件；归口管理行政执法和执法责任制工作；组织对重大环境问题的调查并协助处理；负责环保法律法规宣传教育和普法工作；办理人大、政协的议案、建议和提案；办理行政处罚、复议、听证和行政应诉、行政代执行工作；参与调查处理环境污染事故和生态破坏事件。

(三)生态保护与污染控制科
　　制定全市自然生态保护、水环境和近岸海洋环境污染防治规划并组织实施；指导、协调、监督海洋环境污染防治工作；会同有关部门编制自然保护区规划，拟订生物多样性保护计划，评审市级自然保护区并向市政府提出审批建议；指导生态破坏恢复整治、湿地环境保护工作；负责农村生态环境保护的监督和管理；负责生态示范区建设；参与水污染、海洋污染和破坏生态事件的调查处理工作；组织实施固体废物、有毒化学品进口登记、危险废物经营许可证等环境管理制度；组织实施大气、水体、噪声、振动、固体废物、放射性物质、有毒化学品及机动车的污染防治工作。组织实施排污申报登记、排污许可证等环境管理制度。组织实施限期治理、达标排放等环境管理制度。

(四)环境规划与科技科
　　组织协调环境保护科学研究和技术引进工作，组织实施重大技术攻关和技术示范工程；管理环保科技成果；组织拟订地方环境标准并组织实施；管理环境管理体系和环境标志认证；组织环境保护资质认可制度初审；负责城乡环境综合整治及定量考核工作；编制环境任期目标和任务并检查落实；组织编制环境状况公报；参与制订国民经济与社会发展规划与计划、国土整治规划和生态环境建设规划；审核城市总体规划中的环境保护内容；组织编制环境功能区划，负责环境统计工作。

(五)建设项目管理科
　　审批建设项目环境影响评价报告书(表)，落实“三同时”规定；负责建设项目环境保护审批、发证和设备验收等工作。组织实施污染总量控制。