(一)办公室
　　拟订卫生事业发展规划和年度计划，指导全市区域卫生规划和卫生资源的合理配置；会同有关部门制订卫生事业发展经济政策和医疗卫生收费政策；负责文秘、档案、保密、信息、调研、信访、宣传报道、安全保卫、对外交流和外事工作。

(二)医政科(中医科)
　　研究指导全市医疗机构改革，拟订全市医疗机构的设置规划、管理制度和服务标准，组织实施医护人员执业标准、服务规范和职业道德规范；监督管理血站、单采血浆站的采供血及临床用血质量；制订全市中医事业发展规划、中医医疗科研教育规划并组织实施；制订中医医疗技术及执业标准和中医机构管理规定并监督管理；负责医疗事故处理、医疗广告审查和干部保健工作。

(三)卫生法制与监督科
　　拟订卫生立法计划，组织协调有关法规、规章的起草、报批；指导全市卫生系统法制宣传教育；负责卫生行政复议和对卫生执法的监督。监督管理全市食品、职业、环境、放射、学校卫生和大型医疗设备应用质量等。

(四)疾病控制科(市初级卫生保健委员会办公室、市爱国卫生运动委员会办公室)
　　拟订传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划并组织实施；拟订全市卫生防疫防病机构建设规划和基层防保组织工作规范并组织实施；组织调度全市卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置；拟订农村卫生、社区卫生、妇幼卫生(含母婴保健)的发展规划和服务标准，会同有关部门拟订计划生育技术的卫生标准，监督计划生育技术服务的质量；统筹协调健康教育工作；负责初级卫生保健委员会办公室日常工作；承办市爱国卫生运动委员会的日常工作。

(五)科技教育科
　　拟订卫生科技教育发展规划和管理办法；组织协调重大医学科研项目的攻关、医学科技成果的普及应用；负责卫生教育、培训工作；协助有关部门制订高、中等医学教育规划和招生计划。

(六)人事监察科
　　拟订全市卫生人才发展规划，组织指导卫生专业技术职务资格评审、认定；负责局机关和直属单位的人事管理和卫生专家管理工作；负责局机关及指导直属单位的人事监察、统战、工、青、妇和计划生育工作。